超低温 FFPE-Tn5 面向福尔马林固定石蜡包埋样本的低输入、高损伤 DNA 建库。通过 FFPE 适配的 Tn5 转座酶、预载接头和流程级优化，将 DNA 标签化与片段化合并，减少机械打断、末端修复和接头连接造成的样本损失，并兼容脱蜡、逆交联、损伤修复和短片段扩增流程。该技术适用于临床回顾性队列、肿瘤样本库、病理档案利用、肿瘤异质性和长期保存样本的分子研究。产品性能应以 FFPE 样本成功率、文库复杂度、片段分布、覆盖均一性、FFPE 伪影和技术重复性进行验证。
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GeneRulor FFPE-Transposase
1. 产品简介
FFPE 样本具有两个相互关联但不能混为一谈的特点：一方面，固定和包埋能够长期保存组织形态及部分分子信息；另一方面，固定过程中形成的化学修饰和交联会使核酸成为短片段、不可完全扩增或带有序列伪影的模板。甲醛可与 DNA 碱基和蛋白质中的亲核基团反应，形成羟甲基加合物和亚甲基桥；DNA 主链也可能发生水解断裂，胞嘧啶脱氨可产生 C>T/G>A 方向的伪影。
常规 NGS 建库依赖完整、可变性较低的 DNA 分子。对于 FFPE DNA，过度机械剪切可能进一步缩短原本已经片段化的模板，长时间高温逆交联可能造成额外断裂，而纯化和末端修复步骤会放大低输入样本的损失。Tn5 tagmentation 能够在 DNA 片段化的同时加入测序接头，有机会减少机械打断、末端修复和独立接头连接等步骤，从而更适合低输入和短片段 DNA。
2. 应用领域
2.1 临床回顾性队列研究
临床回顾性队列往往缺乏新鲜组织，但拥有大量经过病理诊断和长期随访的 FFPE 蜡块。FFPE-Tn5 可用于对既往病例进行靶向测序、拷贝数分析、突变谱、甲基化或染色质可及性等研究，并将分子结果与分期、治疗方案、复发和生存信息关联。
2.2 肿瘤样本库和病理档案利用
肿瘤样本库具有样本量大、病种丰富、随访信息完整等特点，但蜡块之间常存在固定时长、组织面积、肿瘤含量和存储条件差异。FFPE-Tn5 可以作为一种低输入建库模块，为不同年份、不同病理亚型和不同治疗阶段的样本提供统一的分子分析入口。
2.3 肿瘤异质性和耐药机制
FFPE-Tn5 可以用于比较原发灶与转移灶、治疗前与治疗后、初诊与复发样本，分析克隆演化、耐药相关基因组改变和表观遗传状态。对于低频突变和低肿瘤纯度样本，Tn5 建库必须结合足够测序深度、UMI/共识策略和 FFPE 伪影过滤。
2.4 病理形态与分子特征联合研究
FFPE 样本的优势是同时保留 H&E、免疫组化和组织空间信息。FFPE-Tn5 可与病理图像、空间区域标注、组织微区切取和分子测序结合，用于研究肿瘤中心、侵袭前沿、坏死区、淋巴细胞浸润区和治疗反应区域之间的分子差异。
2.5 稀有样本、活检和小面积切片
穿刺活检、内镜活检和小面积肿瘤切片常常无法提供足量高完整性 DNA。Tn5 的一步式标签化和低死体积反应有望减少样本损耗。
参考文献
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