菌株分型平台
菌株分型(Strain Typing)是通过分析微生物基因组中的遗传差异,对同种或近缘菌株进行进一步区分和分类的方法。相比传统的物种鉴定,菌株分型能够在种水平基础上进一步解析不同菌株之间的遗传关系,为菌株溯源、群体结构分析及菌株评价提供更加精细的数据支持,适用于细菌等多类微生物的菌株水平精细分类需求。
通过标准化分型方法和专业生物信息分析流程,可实现不同来源菌株的遗传关系比较,辅助微生物资源管理、科研研究及相关产业应用。我们基于国际标准化分型体系,提供MLST(多位点序列分型) 与 cgMLST(核心基因组多位点序列分型) 两种方案,可根据菌株类型与研究目的灵活匹配。
对比维度 | MLST分型 | cgMLST分型 |
分析靶标 | 7~10个管家基因(House-keeping genes) | 数百至数千个核心基因组基因 |
分辨率 | 种内/群水平区分 | 近缘菌株/克隆群精细区分 |
数据库支持 | PubMLST 等国际公共数据库 | 自建核心基因位点数据库 |
适用场景 | 菌株溯源、群体结构、流行病学关联 | 暴发调查、近缘菌株鉴别、精细化遗传分析 |
数据可比性 | 全球实验室间结果可直接比对 | 需在统一分析框架下比较 |
建议:常规菌株溯源与资源管理选择MLST;需要区分高度相似菌株或进行精细化遗传解析时,选择 cgMLST。
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