WGS-SNP分析
WGS-SNP分析
WGS-SNP分析基于全基因组测序数据，通过多菌株基因组间的比对分析，识别单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）位点，构建高分辨率系统发育关系，广泛应用于菌株溯源、群体遗传结构解析及近缘菌株差异比较等场景。
相较于基于单一标记基因或MLST的分型方法，WGS-SNP分析可精确到单碱基水平，是目前菌株溯源分析分辨率最高的技术路径之一。
1. 服务内容
服务环节 | 服务内容 |
项目咨询 | 根据研究菌株数量、近缘程度及研究目的（溯源/群体遗传）确定分析方案 |
样本检测 | 多菌株基因组DNA提取及全基因组测序 |
参考基因组比对 | 以合适的参考基因组为基准，进行测序reads比对 |
SNP位点鉴定 | SNP calling及多重过滤，剔除重组区域及低置信度位点，获得高质量核心基因组SNP矩阵 |
系统发育分析 | 基于SNP矩阵构建系统发育树，解析菌株间进化及亲缘关系 |
群体遗传分析（可选） | 群体遗传结构、连锁不平衡分析等 |
报告交付 | SNP位点列表、系统发育树、分析报告及原始数据 |
2. 技术特点
分辨率极高：可精确到单碱基水平，区分常规分型方法难以区分的近缘菌株；
溯源能力强：适用于菌株传播链、污染来源及重复检出事件的追溯分析；
群体解析全面：支持大规模菌株群体的遗传结构及进化关系解析。
3. 应用场景
食源性致病菌污染溯源及暴发调查；
生产环境驻留菌株或反复污染源追溯；
益生菌/生产菌株特异性鉴定及知识产权保护；
菌株进化关系及群体遗传结构科研分析。
4. 示例结果展示
WGS-SNP系统发育树（示例）
5. 服务优势
优势 | 详细说明 |
单碱基级分辨率 | 较MLST等传统分型方法具有更高的菌株区分能力 |
溯源证据链完整 | 结合系统发育树与SNP位点信息，为溯源结论提供可追溯的证据支持 |
数据严谨可靠 | SNP calling流程含多重过滤及重组区域剔除，降低假阳性位点干扰 |
批量分析能力强 | 支持大规模菌株集合的并行比对与分析，适用于群体层面的遗传研究 |
